В 1979 году Кэти Экер получила  Премию Пушкарта за свою новеллу под названием «Нью-Йорк Сити в 1979 году». Начало  1980-х годов писательница провела в Лондоне, где ею были написаны наиболее признанные миром работы, к которым относятся романы «Большие надежды», «Дон Кихот», «Моя смерть моя жизнь, написанные Пьером Паоло Пазолини», «Кровь и срач в средней школе», «Империя бесчувствия». В конце 1980-х годов Экер вернулась в Соединенные штаты, здесь она устроилась работать адъюнкт-профессором при художественном институте в Сан-Франциско, проработав там шесть лет. Кроме того, она часто выступала в качестве приглашенного профессора  в различные университеты, в том числе в Университет штата Айдахо, штата Калифорнии, города  Сан Диего, штата Калифорнии, города Санта-Барбары  и в Калифорнийский институт искусств.

В период начала 90-х годов прошлого столетия между 1990 и 1993 годами писательницей были опубликованы  книги «Памяти идентичности»  в 1990 году, «Ганнибал Лектор, мой отец» в 1991 году, «Портрет глаза: Три новеллы» в 1992 году и «Моя мама: демонология»  в  том же году. Критики  тогда начали поговаривать, что все ее поздние произведения были более чем предсказуемы, потому как Экер продолжила изучение все тех же запретов в аналогичной для нее форме. А вот в ее последнем романе под названием «Пусси, король пиратов», который был опубликован в 1996 году, чувствуется уже  больше юмора, с намеком на легкое фэнтези, есть в нем и  Восточная философия, чего нельзя обнаружить в предыдущих работах этого автора.

В апреле 1996 года Экер поставили страшный диагноз —  рак молочной железы. Позднее, в январе 1997 года ее были написаны статьи, в которых она говорила об утрате веры в стандартные лекарства, «Гардиан» и «Дар болезни». В статьях она пишет, что после неудавшейся операции, решила отвергнуть пассивность пациента при оказании ему медицинской помощи. Она делала акцент на то, что пациент в западной медицине не объект лечения, а  прозорливец, ищущий мудрости, болезнь его  учитель, а сам он — студентом. Писательница прошла несколько этапов альтернативного лечения в Англии и Штатах, а через полтора года умерла от осложнения рака молочной железы в клинике альтернативной медицины в Тихуану..